V českých krajích České republiky vede několik tras Svatojakubských cest, které navazují na trasy jakubských cest v Německu a Polsku. Trasy vedou severojižním směrem buď přes Prahu a z ní na jihozápad směrem na západ a jihozápad na Železnou či Všeruby, východočeská větev vede z Broumovska přes Vlašim do Českého Krumlova a dále do Rakouska. Na vytyčení a značení tras spolupracují Ultreia z.s. , sdružení Cesta hvězdy a KČT. V současné době je většina českých tras vyznačena turistickými značkami Klubu českých turistů, jiné úseky některých tras pak šipkami či samolepkami svatojakubských mušlí, které pořídili členové svatojakubských bratrstev z Polska, Německa nebo Rakouska.
Trasy Svatojakubských cest v na území českých krajů - viz. web Ultreia.
První značenou Svatojakubskou cestou na Moravě je trasa Brno - Mikulov s návazností na rakouskou Svatojakubskou cestu vedoucí částí Weinviertel v Dolním Rakousku. Tato trasa vznikla z iniciativy Centrály cestovního ruchu jižní Moravy. Pro vytvoření této trasy bylo potřebné vyznačit pásovým značením Klubu českých turistů úplně novou trasu mezi obcí Popice, kde končila červená značka vedoucí hřebenem Pálavských vrchů z Mikulova, a jihem města Brna, kde do konce roku 2010 neexistovala téměř žádná značená trasa pro pěší turisty.
Po spojení Brna se Svatojakubskou cestou v Dolním Rakousku vznikly také návrhy prodloužit tuto trasu směrem na Olomouc a dále až k polským hranicím, kde je u Opavy možné spojení se Svatojakubskou cestou v Polsku. Tím vznikla možnost vyznačit severojižní trasu Svatojakubské cesty napříč celou Moravou, od Polska až do Rakouska. Trasa z Olomouce do Brna je s malými výjimkami vedena výhradně po stávajících trasách Klubu českých turistů, značených pásovým značením.
Od východu na západ je navržena trasa Svatojakubské cesty směrem od Slovenského Šaštína, přes Velehrad do Brna. Na západ je pak možné vést Svatojakubskou cestu směrem na Třebíč a dále Vysočinou až do Českého Krumlova, kde se tato cesta napojí na Svatojakubskou cestu z Broumovska přes Vlašim a Tábor. Trasa Velehrad – Brno – Třebíč je vedena rovněž výlučně po stávajících trasách Klubu českých turistů pásovým značením, s výjimkou krátkého průchodu městem Brnem.
Svatojakubské cesty stačí vyznačit jako jednosměrné, protože všechny směřují z výchozích míst do Santiaga de Compostela.
