Hlavním výchozím bodem Svatojakubské cesty je v Brně kostel sv. Jakuba, který je centrem Svatojakubských cest na jižní Moravě. V kostele probíhají každý den mše a v sezoně i prohlídky s výkladem, pod kostelem se nachází druhá největší kostnice v Evropě. Na faře naproti přes ulici je možno zakoupit credencial a dostat do něj poutnické razítko.
Poutní cesta, prozatím neznačená, vede přes náměstí Svobody do ulice Panské a Radnické, přechází přes Zelný trh k Divadlu Husa na provázku, vystoupá na Petrov, obchází katedrálu sv. Petra a Pavla a terasami směřuje do ulice Bašty, odkud vede k hlavnímu nádraží, podchází železniční viadukt a ulicí Křenovou míří kolem Zderadova sloupu zpět k řece Svitavě, kde se připojí zpět na červenou značku. Stále jižním směrem pokračuje Svatojakubská cesta 6 km až k soutoku s řekou Svratkou u OC Olympia.
Od soutoku řek pokračuje Svatojakubská cesta po levém břehu Svratky asi 6 km k mostu, který spojuje Rajhradice a Rajhrad. Na mostě odbočíte doprava a po 300 m vejdete do areálu Benediktinského kláštera v Rajhradě, kde také sídlí Památník písemnictví na Moravě. Razítko s datem do credencialu získáte v poutnické budce na zdi vedle kostela.
Svatojakubská cesta obchází klášter a stále po červené značce přichází alejí do Holasic (u kapličky budka s razítkem), prochází spodní částí obce k tůni Ludmila a směřuje do Vojkovic ke kostelu sv. Vavřince (razítko je v poutnické budce na plotu u kostela). Poutní trasa poté směřuje k mostu přes řeku a před ním odbočuje spolu s cyklotrasou 5172 vpravo a po 2 km dorazí k rozcestníku turistických tras u zámku v Židlochovicích, kde je svatojakubská infotabule a zezadu poutnická budka s razítkem. Nedaleko je vidět moderní most, který Svatojakubská cesta přechází a směřuje na náměstí.
Z náměstí pokračuje poutní cesta vpravo a spolu s cyklotrasou 5149 vede okrajem vinic 4 km k unikátnímu opevněnému kostelu sv. Jakuba Staršího v Nosislavi. Razítko do credenciálu je u vinařského lisu. Odtud ulicí Pod Kopcem uhýbá Svatojakubská cesta vpravo přes krajskou silnici k objektu ČOV, vede kolem řeky Svratky po jejím levém břehu k Boudeckému mostu a po dalších 1,5 km přichází k zámku ve Velkých Němčicích. Poutnická budka je i zde u vinařského lisu. Cesta pokračuje jižně ulicí Brodačskou a uhýbá k meandrům řeky Svratky, přechází přes stavidlo a trochu se prodírá lesíkem, načež po třech kilometrech přichází do Uherčic. Razítko je nedaleko rozcestníku u vstupu do hospody.
Z Uherčic vede Svatojakubská cesta stále po červené značce k vinným sklepům a spolu s cyklostezkou nad Hochberk a poté vpravo dolů do Popic. Variantní (původní) cesta směřuje od sklepů nad Uherčicemi k mohutné solitérní lípě a křížku směrem na jih. Před vrcholem se trasa stáčí doleva a po překonání vrcholu opět vlevo a míří prudce dolů kopcem. Před korytem Popického potoka uhýbá cesta prudce doprava a po 2 km souběžně s potokem dorazí kolem sportovní střelnice (POZOR NA STŘELBU!) na okraj Popic. Po 1 km Hlavní ulicí v Popicích přichází cesta ke kostelu sv. Ondřeje. Za obecním úřadem a hospodou je odpočívadlo s pilgrim pointem. Zde se variantní trasa připojí k červené značce a směřuje k železniční trati Brno – Břeclav, kde se napojuje na již „pradávnou“ červenou turistickou značku vedoucí k Mikulovu.
Za tratí Svatojakubská cesta mírně stoupá, nově uhýbá vpravo, podchází menší letiště a s překrásným výhledem na Novomlýnské nádrže a Pálavu klesá do Strachotína. Obec zřídila pro poutníky u kostela sv. Oldřicha a Metoděje moc hezkou svatojakubskou lavičku, vlevo je na hřbitovní zdi poutnická budka s razítkem. Od kostela zbývá už jen 500 m na hráz rozdělující Novomlýnské nádrže.
Další 2 km poutní cesty spojuje chodník Strachotín s Dolními Věstonicemi. V obci kousek za kostelem sv. Michala pak červeně značená trasa stoupá strmě vpravo ke hřbitovu (poutnická budka na bráně) a mezi vinohrady až k Děvičkám (Dívčím hradům). Svatojakubská cesta odtud vede asi 5 km hřebenem Pálavských vrchů kolem vrcholu Děvín, nad Soutěskou po hranici přírodní rezervace k rozcestí cest na Pavlov, Pernou a Klentnici. Do Klentnice pak zbývá jen 500 m.
V Klentnici trasa odbočuje stále po červené značce doprava a vede k Sirotčímu hrádku (razítko v budce zezadu infotabule) a vyhlídkovým místům na Stolové hoře. Po 2 km se cesta vrací k silnici a okrajem vinohradů vede směrem na Mikulov, kde zanedlouho odbočí prudce vpravo k jeskyním a lomu Na Turoldu. Odtud Svatojakubská cesta pokračuje asi 1,5 km na východ po žluté značce ulicemi U Lomu, Havlíčkova a Habánská, odkud stoupá po úbočí kopce na Svatý kopeček s Božím hrobem, zvonicí, kostelem sv. Šebestiána a krásnými výhledy na město a široké okolí. Na rozcestníku KČT je upevněna poutnická budka s razítkem. Odtud poutní cesta klesá po modré značce podél křížové cesty k centru města a dovede poutníky pod hlavní mikulovské náměstí.
V informačním centru na náměstí se mohou poutníci zapsat do poutnické knihy, získat bližší informace o pokračování Svatojakubské cesty v Rakousku a samozřejmě si pořídit otisk poutnického razítka a zapsat datum do svého credencialu.
Svatojakubská cesta pokračuje červeným značením KČT k rakouským hranicím od náměstí ulicí Piaristů, kolem koupaliště a po překročení hlavní silnice k fotbalovému hřišti v ulici Republikánské obrany. Po chvíli přechází poutní trasa železniční trať a vede stále rovně po staré asfaltové silnici (signálce) až ke státní hranici. Posledních 300 m před hranicí asfaltová cesta mizí a mění se na travnatou pěšinu podél zarostlého remízku. Z náměstí ke státní hranici má trasa 3,5 km, na území Rakouska pokračuje Svatojakubská cesta asfaltovou silnicí do obcí Kleinschweinbarth (3,5 km), Falkenstein (9km) a dále na Poysdorf, Mistelbach, Großrußbach, Stockerau a Krems an der Donau.
Na Svatojakubskou cestu v Rakousku se lze napojit také ve více východně položeném Drasenhofenu u vstupu do překrásné sklepní uličky Kaiserstraße.
